Les enjeux avifaune sont importants avec des espèces emblématiques telles que la Cigogne noire, le Balbuzard pêcheur, les Sternes, la Fauvette Pitchou, le Pic mar, les Pic noir… Ces espèces sont principalement liées aux boisements, aux landes, au Lac de Rillé et à la vallée de la Loire. Ces espèces et leurs habitats sont menacés par le dérangement, l’exploitation intensive et l’abandon des milieux. Le coteau calcaire ligérien, avec ses cavités troglodytes, abrite des sites d’importance nationale pour les chiroptères. Les enjeux Odonates et Lépidoptères sont aussi majeurs sur le territoire. Les zones humides, la Vallée du Changeon et ses prairies alluviales abritent plusieurs espèces d’Odonates protégées et les dernières stations d’Azurés de la Sanguisorbe de la Région. Les landes humides des pares-feux hébergent des populations fragiles d’Azurés des mouillères. Ces milieux sont menacés par la plantation de peupleraies et une gestion non adaptée. Historiquement, les paysages du territoire étaient caractérisés par les landes. Malgré leur plantation ou leur abandon, le territoire abrite les derniers habitats de lande de la Région.