Avec un territoire situé aux portes de Montpellier, la principale pression pesant sur les espaces naturels de la Communauté de communes est l'urbanisation, qui engendre une perte d'habitat pour la faune et la flore. Elle fait également face au développement des énergies renouvelables (éolien et photovoltaïques) qui peuvent représenter un danger pour certaines espèces. De plus, les activités de pleine nature, notamment dans la partie Nord de l'intercommunalité, peuvent également faire pression sur les milieux aquatiques (baignade, canoës, canyoning) et rupestres (escalade, base jump, slackline, ...). Enfin, les effets du dérèglement climatique génèrent des pressions sur la Communauté de communes.