Aulon, nichée dans un cadre pyrénéen, est une mosaïque de biodiversité avec une multitude d'habitats et plus de 635 espèces recensées, dont plusieurs sont d'un intérêt patrimonial considérable et présentent un taux d'endémisme élevé. La collectivité abrite une aire d’adhésion du Parc National des Pyrénées et la moitié de la commune est classée Réserve Naturelle Régionale. Des espèces emblématiques comme le Lézard de Bonnal, le Desman des Pyrénées ou encore le Gypaète barbu soulignent la richesse naturelle de la commune.

Le changement climatique et la prolifération d'espèces invasives, telles que certains cervidés, menacent cet équilibre fragile en altérant les biotopes et le réseau hydrographique. Les pratiques pastorales, avec par exemple l'utilisation de produits vétérinaires écotoxiques, ont un impact direct sur les habitats et l'équilibre écologique, affectant des cortèges d’espèces essentielles comme les bousiers ou encore la vie aquatique.

Le tourisme, pose également des défis en matière de conservation, avec des pressions sur des zones sensibles et un dérangement potentiel de la faune. En réponse à ces enjeux, un diagnostic de vulnérabilité au changement climatique et un plan d'adaptation sont en cours, s'inscrivant dans une démarche régionale et visant à renforcer la résilience de la Réserve Naturelle Régionale d'Aulon et de la commune elle-même.