Agde, une ville littorale urbaine et périurbaine, est en passe de devenir un Parc naturel marin et héberge déjà des zones Natura 2000, une Aire Marine protégée, et la Réserve Naturelle du Bagnas. Le territoire est marqué par une biodiversité remarquable due à sa variété d'habitats, incluant des zones humides d'intérêt international, des mares temporaires méditerranéennes, et des habitats marins riches. Cependant, la biodiversité est sous pression à cause de la surfréquentation estivale, du chalutage illégal, de l'artificialisation des sols, et du tourisme de masse. Face au changement climatique, la ville est également vulnérable aux phénomènes de sécheresse, de canicule, ainsi qu’à l'érosion du littoral, aux inondations et aux incendies.