La commune de Cugnaux, en dépit de son caractère urbain, préserve un quart de son territoire en zones naturelles et agricoles, révélant ainsi un engagement fort en faveur de la biodiversité de son territoire et de l'écologie urbaine. Le centre-ville, fortement urbanisé, contraste avec les espaces de boisements et de grandes cultures au nord et à l'est. Le territoire traversé de cours d’eau et corridors écologiques, offre une mosaïque d'habitats naturels au sein de l'espace urbain. L’étalement urbain et les aménagements liés à la mobilité qui fragmentent les habitats sont les principales menaces pesant sur sa biodiversité.

La commune valorise sa biodiversité, notamment par une ZICO (Zones Importantes pour la Conservation des Oiseaux) au sud-est et une zone humide le long du canal de St-Martory qui abritent des espèces clés. De plus, elle lutte contre la pollution lumineuse en faveur de la biodiversité nocturne en adaptant l’éclairage public. Elle a nettement amélioré la connaissance de la faune/flore de son territoire, ce qui lui permet aujourd’hui de développer un volet pédagogique à destination de ses habitants.

La commune s’engage également pour le végétal via la végétalisation de l’espace public et les bonnes pratiques entourant la gestion du végétal (gestion différenciée, gestion raisonnée de la ressource en eau, etc.). Elle a été reconnue de niveau 2 auprès de la charte régionale « Engagé pour le végétal ».