Labruguière, nichée au cœur du Parc naturel régional du Haut-Languedoc, allie urbanisme et richesse naturelle avec des forêts, cours d'eau, et divers biotopes. Sa biodiversité est remarquable, abritant des espèces telles que la loutre d'Europe, le putois d’Europe, l’aigle botté et des fleurs rares. Les pressions pesant sur la diversité biologique de Labruguière sont l’étalement urbain ainsi que des espèces invasives qui menacent les cours d'eau. Le changement climatique intensifie les risques d'incendies et d'inondations, or la commune est particulièrement vulnérable aux inondations.