Située aux portes du Lauragais, Pechabou est une petite ville qui s’étend entre la plaine de l’Hers et les coteaux, à 15 kilomètres au sud-est du centre de Toulouse. La commune est essentiellement composée de terrains agricoles (environ 40%) et d’un tissu urbain discontinu qui occupe une position centrale, représentant environ 33% de la surface communale.  

La principale pression qui s’exerce sur la biodiversité communale est la croissance démographique qui se manifeste par des besoins en logements. Une 2ème pression sur la biodiversité concerne la rupture des continuités écologiques due à la RD813 et au Canal du Midi qui divisent le territoire. Ils empêchent ou compliquent le déplacement des animaux terrestres.  

Enfin, le territoire est soumis à deux vulnérabilités majeures face aux impacts du changement climatique tels que les inondations liées au débordement de l’Hers et/ou à la remontée de nappes d'eau souterraines.