Salles-sur-l'Hers, située dans la plaine et sur les coteaux, est un territoire rural qui bénéficie d'un site Natura 2000. Sa biodiversité est riche, avec des mares, des haies agroforestières le long des champs et des chemins. La commune assure une gestion écologique des espaces verts. Elle a également équipé une retenue collinaire pour le parcours de la faune et avec des observatoires pour l'apprécier. La commune reste vigilante face aux risques d'inondations et de sécheresses exacerbés par le changement climatique, des vulnérabilités importantes pour l'avenir de ses paysages et de son agriculture.