La proximité directe avec la métropole de Montpellier a induit une forte augmentation de la population à Vailhauquès, provoquant un mitage des zones naturelles et agricoles. L'urbanisation est la principale pression s'exerçant sur la biodiversité communale et risque de perturber les continuités écologiques. De plus, des défrichements et des remblais illégaux pourraient avoir un impact sur la biodiversité au même titre que la circulation illégale de motocross et de quads qui détruisent les sols et dérangent la faune. Aussi, en cas de sécheresse, ces activités augmentent le risque d'incendies. D'autre part, les pollutions agricoles et celles des stations d'épuration sont une pression importante. Enfin, la prolifération des chats errants sur la commune représente une menace pour les passereaux, les reptiles, amphibiens et autres petits mammifères.