Sur le territoire d'Hennebont, l’ensemble des milieux mis en avant par l’identification de la Trame verte et bleue ou l’inventaire des zones humides présente une forte dépendance à la qualité et la préservation de la ressource en eau. Les réservoirs de biodiversité sont principalement le Blavet (qui apparait comme une continuité écologique forte puisqu’il traverse le territoire communal du Nord-Est au Sud-Ouest), et les trois réseaux composites situés à l’Ouest, au Nord-Est et au Sud du bourg.