Le territoire compte 27 ZNIEFF de type 1 et 6 ZNIEFF de type 2. - 1 zone de protection spéciale (ZPS) au titre de la directive Oiseaux a été définie sur la base de l’identification préalable de la ZICO Rade de Lorient. - 5 zones spéciales de conservation au titre de la Directive « habitats naturels, faune, flore » concernent le littoral (« rivière Laïta, pointe du Talud, étang de Lannénec » et « massif dunaire Gâvres-Quiberon »), des vallées (« rivière du Scorff, forêt de Pontcalleck, rivière Sarre »), Groix (avec une partie terrestre et une
partie maritime) et un gîte de chauve-souris à Inzinzac-Lochrist. - La réserve naturelle « François Le Bail » sur l’île de Groix est depuis 1982 une réserve nationale gérée par Bretagne Vivante. - La réserve naturelle régionale des « étangs du petit et du grand Loch » a été créée en 2008 et est gérée par la Fédération Départementale des Chasseurs du Morbihan. - Arrêtés de Protection de Biotope : 4 sites de gites de chiroptères et 1 site
d’alimentation des oiseaux migrateurs sur le fond de la Petite Mer de Gâvres. - Sites propriétés du conservatoire du littoral : Le programme d’acquisition du Conservatoire du littoral sur le territoire de la Communauté d’Agglomération s’étend sur 1 941 hectares. Le Conservatoire du littoral préserve d’ores et déjà 611 hectares sur ce territoire (au 1er janvier 2021) - 6 sites. Lorient Agglomération est coordinateur de gestion pour le conservatoire à l'échelle du territoire et gestionnaire délégué pour 3 sites (Anse de Kerguelen, Rives de la Laïta et Littoral Lorientais) : - Rives de la Laita – n° 56 1000 - Commune de Guidel - Littoral Lorientais – n° 56 641 - Communes de Guidel et Ploemeur -
Anse de Kerguelen – n°56 160 - Commune de Larmor Plage - Rives du Blavet – n° 56 731 - Commune de Locmiquélic - Petite mer de Gâvres – n° 56 1001 - Communes de Riantec, Gâvres (Plouhinec hors Agglo) - Côtes sauvage de Groix – n° 56 510 - Commune de Groix