Plougoumelen est bordée à l’ouest par la partie maritime du Sal, bras de la rivière d’Auray qui débouche dans le Golfe du Morbihan. Ses paysages bocagers et maritimes sont caractéristiques des rias du Golfe.

La commune de Plougoumelen est concernée par 3 zones de protection ou d'inventaires relatives aux richesses biologiques : le site RAMSAR du Golfe du Morbihan, le site Natura 2000 Golfe du Morbihan, côte ouest e Rhuys.  La commune abrite également 3 sites ENS. Le bois de Pont-Sal : Il s’agit d’un massif forestier comprenant des arbres anciens (ancien parc de château) et situé en bordure de l'étang de Pont-Sal. Le site est géré par l’ONF. Le bois de Botterf : Il s’agit d’un massif forestier situé dans le prolongement du bois de Pont-Sal.  Le bois de Lopérhet : Il s’agit d’un massif forestier actuellement géré par l’ONF.