Le territoire subit de nombreuses pressions : la croissance démographique engendre une urbanisation se faisant au détriment des espaces naturels et agricoles, de la qualité de l’eau et des milieux, et une augmentation des usages sur les milieux naturels qu'ils soient traditionnels (chasse, pêche) et récréatifs (APN, balade, activité balnéaire… ). Sète Agglopole Méditerranée s'est engagée sur plusieurs projets pour protéger et favoriser la biodiversité de son territoire ; reconquête de dunes, renaturation de cours d'eau, elle essaye également de former ses agents, notamment les gardes du littoral, et cherche à prendre en compte la biodiversité de manière transversale entre ses services.