Les principales menaces qui pèsent sur la biodiversité du territoire sont liées aux pratiques agricoles, sylvicoles et industrielles :

• Sur les milieux forestiers : coupes à blanc (plantations arrivant à maturité), plantations monospécifiques, changement climatique.
• Sur les milieux ouverts (prairies et pelouses) : évolution des pratiques agricoles (déprise / intensification), retournement de prairies, changement climatique (hautes chaumes), disparition des haies et des bosquets.
• Sur les milieux aquatiques et humides : enrésinement et ensablement lié à l’exploitation forestière, piétinement du bétail, rejets agricoles, drainage, assèchement des zones humides … On note également d’autres problèmes sur les cours d’eau : obstacles à l’écoulement, rejets des industries et rejets domestiques, modifications morphologiques, espèces invasives, baisse de la ressource en eau, …
• Les pressions urbaines et la fragmentation liée au réseau d’infrastructures sont globalement modérées, mais sont toutefois plus importantes sur la moitié nord du territoire sous l’influence de l’agglomération clermontoise et le long des principaux axes routiers.